核酸检测技术有诸多优点，但由于其超高的灵敏度，一旦实验室出现核酸污染，很容易导致假阳性结果，从而影响检测的准确性。
样本处理环节抽提核酸和检测环节扩增产物泄露均会导致核酸污染，飞溅的扩增产物会形成气溶胶漂浮在空气中，粘附到物体表面及检测人员身体 上，随着人员及物料流动而污染整个实验室。
实验室一旦发生核酸污染极难清除，会造成实验室短期内无法开展工作，因此防范和清除核酸污染是分子检测实验室的工作重点。
目前的核酸检测均采用闭管检测以防止开盖形成气溶胶，同时采取严格的物理隔绝法，检测依次分为试剂准备区-样本准备区-扩增区-产物检测区，且逐级压，这些策略都最大程度地防止了气溶胶污染，但核酸污染事故依然时有发生。由于核酸检测步骤较多，且多个环节样本直接暴露于空气中，任何一个环节出现一点小纰漏就容易导致整个实验室的污染。即使严格按照规程操作，核酸污染依然无法彻底避免。
核酸污染主要体现在样本核酸或扩增产物在台面、设备、检测人员表面的核酸残留，以及扩增产物形成的气溶胶。气溶胶由于颗粒较小，若不做处理可长期漂浮在空气中持续影响实验室的检测。
核酸实验室污染的主要原因有：标本污染； 试剂污染； 产物污染； 设备污染； 其他污染。
其解决措施 为：标本污染：重新采样进行检测，评估标本前处理环节；
试剂污染：更换新的试剂重新检测评估；
设备污染：设备整体消毒清洁、维护；
产物污染：全面清洁消毒实验室、仪器设备所有实验有关用品。
发现污染，检测工作应立即停止，直到确认消除污染后才能重新开始检测。首先，要查找污染源和明确污染范围。然后，根据污染源和污染范围采取有效的去污染措施，结合各种不同方法以达到最佳效果。
实验室污染的处理：
1.标本污染生物安全柜的操作台造成局限污染时：
立即用吸水纸覆盖，并使用0.55%含氯消毒剂进行喷洒消毒。消毒液需要现用现配，24小时内使用。
2.标本倾覆造成实验室污染时：
保持实验室空间密闭，避免污染物扩散。立即使用润湿有0.55%含氯消毒剂的毛巾覆盖污染区。必要时（如大量溢撒时）可用过氧化氢加热熏蒸实验室，剂量为2g/m ，熏蒸过夜；或20g/L过氧乙酸消毒液用气溶胶喷雾器喷雾，用量8ml/m ，作用1-2小时；
3.清理污染物时：
严格遵循活病毒生物安全操作要求，采用压力蒸汽灭菌处理，并进行实验室换气等，防止次生危害。